十六日，李秀成率部攻占浦口，并由此渡江，仅留下五百人在北岸守卫，以接应秦日纲主力渡江。

吉尔杭阿在镇江外围被太平军打败，逃回了九华山大营，但大营的长官和士兵却对他们另眼相看。

得到太平军在浦口渡江返回江南的情报后，大营长官立刻命令吉尔杭阿带领他的余部前往浦口南岸阻击。

半路上见到浩浩荡荡的太平军迎面攻来，吉尔杭阿忽然想起不久前打的败仗，感到十分害怕，又一次选择了临阵脱逃，但这一次就没那么容易了。

李秀成命令全速追敌，于烟墩山将吉尔杭阿残部包围。吉尔杭阿看着身边的清兵一个个战死或者投降，知道再难脱逃，举刀自杀身亡。

再说江北：秦日纲集结各路人马准备从浦口渡江时，清军五千精锐于二十二日再陷浦口，李秀成留下的五百守兵寡不敌众全部阵亡。

秦日纲只得率军返回瓜洲，短期休整后，于二十七日渡江，二十九日攻占黄泥洲，并乘胜猛攻高资清营，准备打通回天京之路。

六月三日，李秀成会同秦日纲主力攻破九华山清军营地，六日复破京岘山清军大营，解镇江之围。

十三日，秦日纲放弃小茅山、九华山、烟墩山、黄泥洲各营垒，经高资、下蜀、东阳、石埠桥退至天京东北燕子矶、观音门一带待命。

当秦日纲所部东援镇江之际，翼王石达开由江西亲率西征军劲旅二三万人回师。五月下旬抵天京南秣陵关一带。

这时候，钦差大臣向荣分兵四出，江南大营存兵不满五千清兵。

为调动清军，石达开采取声东击西战法，于六月十三日分兵攻取溧水，挺进苏州、常州。

向荣闻讯，急派总兵张国梁往救，致使江南大营兵力更加空虚。

十七日，李秀成、秦日纲、陈丕成等部在仙鹤门结集，筑垒数十处。李秀成率领前锋抵达紫金山东黄马群，切断江南大营与仙鹤门之间的联系。

与此同时，天京太平军一队五千人越过龙脖子，另一队七千人自神策门、太平门出城，占据大小水关及冯家边一带，与李秀成等部对清军形成东西夹击之势。

向荣急派副将王浚率两千清兵前往仙鹤门防堵。十八日，石达开部亦赶到尧化门。向荣见江南大营危在旦夕，急令张国梁由溧水星夜赶回，并从丹阳、秣陵关等处调兵回援。

十九日天还没亮，李秀成率领四五千人攻仙鹤门清军王浚营盘，稍后出兵数千包抄，激战至天晚，大败清军。

同一天，清军张国梁率一千二百人赶回江南大营，连夜在青马群筑营，欲堵太平军西攻之路。

二十日凌晨，李秀成等各路太平军猛攻青马群。

看到太平军大胜在即，杨嗣龙派三千精锐出通济等门，直扑七桥瓮。

向荣亲率一千二百人自孝陵卫大营发兵增援江南大营，实则作南逃准备。

午后，秦日纲分军四五千人自灵谷寺翻紫金山攻破清军马队营盘，直逼孝陵卫。同时，洪武、朝阳门太平军分路出击，攻破孝陵卫附近清营二十余座。接着，各路太平军合攻孝陵卫。

鏖战数时，太平军攻破向荣大营，毙清军千余人。向荣、张国梁等连夜败走淳化镇，二十一日又经句容逃往丹阳。

至此，威胁天京达三年之久的江南大营被太平军攻破。

解了天京之围后，李秀成和陈丕成被杨嗣龙留在天京。秦日纲向杨嗣龙请战，准备对一直坐困南昌却负隅顽抗的湘军发动攻击。

杨嗣龙拍着秦日纲的肩膀冷笑着说道：“燕王老哥哥，不要被胜利冲昏头脑啊！您还是想一想功高盖主的警示吧！”

在接受洪仁坤的嘉奖后，李秀成和陈丕成主动请战，希望趁热打铁，率部攻打南昌，以根除太平军的心腹之患——湘军主力。

洪仁坤认为他们两个人一直在东王、翼王然后是燕王的手下打仗，都不是自己的心腹。

“二位弟弟，”洪仁坤说：“朕在栋梁书院就与你们师徒二人相识，深知二位是可造之材。朕早有把你们留在身边共谋天下之念想，只是你们一心要驰骋疆场，为我太平天国建功立业。

现在，你们已经为朕解除了清妖的江南大营和江北大营，就留在天京吧！相比之下，守卫天京比攻打南昌的任务更加重要且艰巨，天京更需要你们这样赤胆忠心、智勇双全的人来守卫和经营啊！”

“那南昌谁去攻打呢？”李秀成问。

“有人比你们还急。”洪仁坤道，“一个是你的妹婿北王韦昌辉，三天不在战场上杀敌就会急出病来；另一位是上帝的老仆人、朕的手足兄弟燕王秦日纲。朕决定让韦昌辉攻打南昌、燕王秦日纲担任江西太平军的主帅。”