（疑惑篇）

70（72）暗夜男爵杀人事件（解决篇）

71（73）米花之狼杀人事件◆

72（74）三胞胎别墅杀人事件

73（75）少年侦探队遇难事件◆

74（76）死神阵内杀人事件◆

75（77）金融公司社长杀人事件

76（78~79）柯南VS怪盗基德★K

77（80）名门连续惨死事件（前篇）X

78（81）名门连续惨死事件（后篇）X

79（82）银行强盗杀人事件◆

80（83）流浪画家杀人事件◆

81（84）当红歌星绑架事件（前篇）

82（85）当红歌星绑架事件（后篇）

83（86）综合医院杀人事件◆

84（87）滑雪别墅杀人事件（前篇）

85（88）滑雪别墅杀人事件（后篇）

@1998年（86~128）

86（89）诱拐现场特定事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）

87（90）白鹤报恩杀人事件◆

88（91）德休拉别墅杀人事件（前篇）◆

89（92）德休拉别墅杀人事件（后篇）◆

90（93）花香杀人事件◆

91（94）抢匪住院事件

92（95）恐怖登山杀人事件（前篇）◆

93（96）恐怖登山杀人事件（后篇）◆

94（97）雪女传说杀人事件◆

95（98）小五郎约会杀人事件◆

96（99~102）走投无路的名侦探！连续两大杀人事件★

97（103）离别美酒杀人事件◆

98（104）名陶艺家杀人事件（前篇）

99（105）名陶艺家杀人事件（后篇）

100（106）初恋情人回忆事件（前篇）

101（107）初恋情人回忆事件（后篇）

102（108）古装演员杀人事件（前篇）

103（109）古装演员杀人事件（后篇）

104（110）盗贼集团别墅事件（前篇）

105（111）盗贼集团别墅事件（后篇）

106（112）新闻照片杀人事件◆

107（113）鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆

108（114）鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆

109（115）侦探团大追击事件◆

110（116）烹饪教室杀人事件（前篇）◆

111（117）烹饪教室杀人事件（后篇）◆

112（118）帝丹小学七大离奇事件

113（119）白色海滩杀人事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）

114（120）有氧潜水杀人事件（前篇）

115（121）有氧潜水杀人事件（后篇）

116（122）推理小说家失踪事件（前篇）

117（123）推理小说家失踪事件（后篇）X

118（124~125）浪花连续杀人事件★X

119（126）假面超人杀人事件◆

120（127）蜜蜂鸡尾酒杀人事件◆

121（128）浴室密室事件（前篇）

122（129）浴室密室事件（后篇）

123（130）天气预报小姐绑架事件◆

124（131）神秘的狙击者杀人事件（前篇）◆

125（132）神秘的狙击者杀人事件（后篇）◆

126（133）旅行剧团杀人事件（前篇）◆

127（134）旅行剧团杀人事件（后篇）◆

128（135）黑衣组织10亿元抢劫事件◆B（注：部分情节来自漫画第2卷，但主体案件为原创）

@1999年（129~173）

129（136~139）来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件★B

130（140）竞技场无差别胁迫事件（前篇）

131（141）竞技场无差别胁迫事件（后篇）

132（142）魔术爱好者杀人事件（事件篇）K

133（143）魔术爱好者杀人事件（疑惑