两天之内，反对最激烈的外务卿副岛种臣、司法卿江藤新平、参议后藤象三郎和大木乔任等，相继被撤职。

在民间进行串联的社会名流，如林有造、片冈健吉、大江卓、竹内纲等多人被捕。

4月23日，甚至原萨摩藩藩主岛津久光，和声望极高的著名作家和意见领袖福泽谕吉，也以煽动叛乱罪被捕。

同时镇压了改革和保守的代表人物，表现出大久保利通坚持自己“內治优先”理念的钢铁意志。

如此强势让明治天皇也觉得过分，让他在这样的条约上签字，对于天皇的至高威望是很大的伤害，私下里跟近臣抱怨：“大久保真该死啊。”

一语成谶。

4月26日清晨，大久保利通乘坐马车前往太政官署办公，在清水谷遭到岛田一郎等六名武士的袭击，护卫措手不及，大久保身中利刃。

临死前他怒斥刺客们：“你们这群蠢蛋，这下日本该怎么办啊！”

刺杀震惊了整个日本，明治天皇下令严惩凶手，并在27日为大久保利通进行维新以来的第一场国葬，但天皇的内心却松了一口气，国家避免了一场迫在眉睫的内战。

大久保的死让政局发生了逆转，“內治派”失去了灵魂和领袖，尤其是坊间传言行刺是西乡隆盛一手安排的。

政府要员既悲愤又人人自危，要知道西乡自己就是近卫都督，像近卫旅团少将桐野利秋、筱原国干等都是其狂热的支持者，难怪大久保的护卫挡不住刺客，谁知道是有心还是无意……